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犬和猫的肺部疾病很常见。尽管一些患者接受了经验性治疗并顺利康复，但其他患者需要更完整的检查，包括收集样本进行细胞学分析、细菌培养和药敏试验，以及可能需要PCR分析。
从呼吸系统收集样本有几种选择；每一种都有优点和缺点。诊断人类肺炎的标准是痰培养，但这需要患者的合作。在极少数情况下，可以在观察到犬有痰液产生的情况下进行培养，但一般认为痰液培养对犬肺炎的诊断效力微弱。
口腔拭子在犬的使用价值极少被评估，一项研究显示分离支气管粘膜波德氏杆菌的效果有限。PCR检测常与口腔拭子一起使用，但其结果应结合临床症状和实验室结果谨慎评估。
肺局部病变的细针抽吸偶尔也会使用，但通常用于怀疑肿瘤性的病例，在怀疑感染（如肺炎）时较少使用。此外，虽然肺细针抽吸可能具有较高的诊断率，但可能会发生医源性气胸等并发症。
在大多数疑似下呼吸道疾病的病例中，肺样本的采集主要依靠气道灌洗。气道灌洗样本可用于气道细胞学评估、细菌培养和药敏试验。
临床医生通常在细胞学下寻找气道炎症（中性粒细胞）、感染（有胞内菌的退行性中性粒细胞）、过敏（嗜酸性粒细胞）、寄生虫（幼虫）或肿瘤（罕见）的证据。气管冲洗样本的细菌培养结果应根据细胞学来解释，因为较大的气道不是无菌的，细菌培养结果不能区分气道正常菌丛和感染。
根据临床医生的偏好和患者的状况，气道灌洗可以通过经口气管灌洗（TOTW）或经气管灌洗（TTW）的方法。TOTW是在短暂麻醉、插管的犬进行的，而TTW是在清醒或轻度镇静的患者中，将导管插入至下呼吸道。然后注入盐水后抽吸回收气道分泌物。
根据作者的经验，TOTW更倾向于使用在小型犬（<10公斤）、猫和短吻犬中。因为短吻犬的气管直径通常较小，颈部较厚，这可能使气管触诊更具挑战性。虽然TTW在中型或大型犬中更受欢迎，但大犬也可进行TOTW。在非常大的犬（如大丹犬）中，穿刺套管针的长度可能会限制TTW的样本采集；因此，使用更长导管的TOTW可能是首选。
TOTW技术简单，在不经常进行气道灌洗的医院中可能是首选。TOTW的缺点包括需要短暂的全身麻醉以允许插管。而当咳嗽反射因麻醉而减少或消失，可能会降低采样样本的质量。TTW的潜在并发症包括皮下气肿、气管撕裂或出血。在犬使用盐水灌洗的潜在并发症包括低氧血症和支气管痉挛，然而这些不太可能会发生在稳定的患者。对于不健康的病患，应谨慎考虑气道灌洗的好处与风险比例。
在进行任何一种方法之前，都应评估患者的稳定性。必须准备好物料，并有一名助手在现场。
收集的液体应呈混浊，偶有粘液。细胞学检查（如，中性粒细胞和/或细胞内细菌）应在标本采集后立即进行。理想情况下，样本应提交给兽医临床病理学家进行解释、进行细菌培养和药敏试验。病人在康复期间应仔细监护。
物料准备：
• 无菌润滑剂
• 静脉留置针
• 麻醉药（单独使用丙泊酚或与低剂量阿片类或苯二氮卓类合用）
• 氧气
• 麻醉机或面罩（可能不需要）
• 监护仪（血氧和心电图）
• 无菌气管插管（比常规使用小0.5-1个型号）
• 无菌手套和喉镜
• 3等份无菌生理盐水
• 无菌红橡胶管
• 吸引装置或尿杯
• EDTA管-用于细胞学采样
• 空试管或培养器-用于细菌培养
进行短暂全身麻醉（通常使用丙泊酚4 - 8mg / kg静脉注射），以允许插管。丙泊酚恢复快速，可以同时评估喉部功能。
作者观点
一些临床医生倾向于在麻醉方案中加入阿片类药物或苯二氮卓类药物。
斜面向下，将针穿过皮肤，插入气管腔。针头通常垂直于气管。
将一根5- 8Fr红色橡胶导管沿气管插管下行至气管分叉处（心基部）的水平。或者，使用吸引导管或闭合式吸引装置。吸引装置可以更好地回收气道细胞成分，但不如红色橡胶导管使用广泛。注入生理盐水：一般为小型犬、猫3ml，中型犬(10-20公斤)5ml，大型犬(>20公斤)10-15ml
手动抽吸液体。如果使用抽吸设备，请将设备直接连接到抽吸单元上。可以直接收集气管插管咳出的液体，因为它是从气管插管直接咳出到一个无菌尿液收集杯(如图)。如果有需要可以抽吸更多的液体。可提起患者的后躯便于引流。
作者观点
拔管前，患者应保持足够清醒，以促进咳嗽反射并防止并发症(如反流、误吸)。
物料准备：
• 局部麻醉药（如，利多卡因）
• 剃毛剪
• 外科备皮准备
• 带导管的穿刺针（优先）或针头和聚丙烯或红色橡胶导管（小到足以穿过针头）
• 3等份无菌盐水
在地板或治疗台上保定犬。在颈下气管或环甲韧带附近进行剃毛准备。仔细触摸导管准备放置的位置后，以局部麻醉剂进行局部浸润，如利多卡因(未显示)。对于颈部较厚的犬（如拉布拉多猎犬），环甲韧带通常更容易分辨。
作者观点
把犬限制在角落里可能有助于防止它逃跑
斜面向下，将针穿过皮肤，插入气管腔。针头通常垂直于气管。
将导管穿入针内并沿气管向下。将针从皮肤上拔出，并放置护针以避免意外撕裂导管。去除针头。当导管成功置入气管腔内时，可以很容易地从导管中吸出空气；犬通常会咳嗽。
作者观点
有些临床医生不使用护针装置，而是手动保护针头；然而，这一步对于避免损伤导管是很重要的。
注入生理盐水(5- 10ml等量)，然后抽吸取样。最多重复三次。温和的拍背可以帮助咳嗽，这可以提高样品的质量。
